V roce 2000 se Fond stal jednou ze sedmi partnerských organizací německé nadace „Připomínka, odpovědnost a budoucnost“ (dále jen Nadace), jež vznikla v návaznosti na mezinárodní dohody z iniciativy vlády Spolkové republiky Německo a „Iniciativy německého průmyslu“. Za účelem realizace plateb z prostředků Nadace zřídil Fond zvláštní pracoviště - Kancelář pro oběti nacismu ČNFB. Kancelář vyřizovala žádosti obětí otrocké či nucené práce nebo jiného nacistického bezpráví o platbu z prostředků Nadace, resp. rakouského „Fondu smíření, mír a spolupráce“. V rámci kanceláře pro oběti nacismu fungovaly tři oddělení: informační a poradenské centrum, ověřovací a dokumentační centrum a oddělení administrativy a provozu. Dle §19 zákona o vzniku nadace "Připomínka, odpovědnost, budoucnost" byla také založena nezávislá odvolací komise, která mohla měnit rozhodnutí kanceláře pro oběti nacismu ve věci jednotlivých žádostí.
V průběhu výplat z německé nadace „Připomínka, odpovědnost a budoucnost“ poskytl ČNFB v letech 2001-2006 na základě 110 624 žádostí platbu 75 769 žadatelům. Z pověření České rady pro oběti nacismu, partnerské organizace rakouského fondu „Smíření, mír a spolupráce“, dále fond zpracoval 11 798 žádostí osob, které byly vězněny, nuceně nasazeny nebo utrpěly jinou újmu na území dnešního Rakouska, a poskytl na jejich základě platbu 10 964 žadatelům. Celkem vyplatil ČNFB v německém i rakouském odškodňovacím programu na základě 86 925 žádostí 8 miliard Kč. V listopadu 2007 byl digitalizovaný archiv žádostí předán do Národního archivu. Po ukončení výplat připravil Fond budoucnosti publikaci „Odškodnění 2000 – 2006. Česko-německý fond budoucnosti a platby obětem otrocké a nucené práce“.
V roce 2007 kancelář řešila rozdělení nevyplacených a propadlých prostředků. Za tímto účelem byl vytvořen Fond zdravotní a sociální péče, jehož cílem bylo „nebyrokraticky, rychle, transparentně a při respektování lidské důstojnosti nabízet a poskytovat takové formy pomoci, o něž mají klienti zájem a které mohou přispět ke zlepšení kvality jejich života“.
Prostředky vložené do tohoto fondu byly určeny výhradně pro žijící bývalé oběti otrocké práce – vězně koncentračních táborů, ghett a jiných věznic, jimž byla prostřednictvím ČNFB přiznána kategorie A dle německého spolkového zákona o zřízení nadace. Příspěvek do výše 12 500 Kč směl být použit výhradně na zdravotní a sociální péči čerpanou v období od 1. ledna do 30. září 2007.
Do projektu se přihlásilo více než 3 000 osob a mezi 2. 932 z nich bylo rozděleno na 30 mil. Kč. V průměru tak byla každému proplacena zdravotní a sociální péče ve výši přesahující 10.200,-Kč. Nevyčerpané prostředky byly po ukončení refundačních plateb převedeny do další fáze projektu, jejíž realizace proběhla začátkem roku 2008.
